Το Πρόγραμμα Ενιαίου και Αδιάσπαστου Τίτλου Σπουδών Μεταπτυχιακού Επιπέδου του Τμήματος Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης οργανώνεται σε δέκα (10) ακαδημαϊκά εξάμηνα και αντιστοιχεί σε τουλάχιστον 300 ECTS. Στο πρόγραμμα περιλαμβάνονται γνωστικά αντικείμενα σχετικά με την οικονομική θεωρία και ανάλυση, την αγροτική πολιτική, την οικονομική της αγροτικής ανάπτυξης, την οικονομική των φυσικών πόρων και του περιβάλλοντος, τη διοίκηση και διαχείριση γεωργικών επιχειρήσεων και εκμεταλλεύσεων, το μάρκετινγκ αγροτικών προϊόντων και τροφίμων, την αγροτική κοινωνιολογία, την περιφερειακή ανάπτυξη και την πληροφορική. Στα τελευταία εξάμηνα περιλαμβάνονται η πρακτική άσκηση και η εκπόνηση πτυχιακής εργασίας. Το επίσημο πρόγραμμα σπουδών προβλέπει 30 ECTS για την πτυχιακή εργασία και 10 ECTS για την πρακτική άσκηση.