Το πρόγραμμα σπουδών διαρθρώθηκε με τέτοιο τρόπο ώστε στην διάρκεια των 2 πρώτων εξαμήνων οι φοιτητές να αποκτήσουν βασικές γνώσεις σε δομικές επιστήμες για την κατανόηση των διεργασιών στο περιβάλλον (Χημεία, Φυσική, Βιολογία, Μαθηματικά), καθώς και μαθήματα που θα εισαγάγουν τους φοιτητές στο φυσικό και δομημένο Περιβάλλον, στην Περιβαλλοντική Μηχανική και στην Περιβαλλοντική Γεωλογία. Στα επόμενα 6 εξάμηνα οι φοιτητές θα διδαχθούν μαθήματα που θα μπορούσαν να κατανεμηθούν σε τρεις βασικούς άξονες
– Βιολογικές διεργασίες, Οικολογία και Διαχείριση Οικοσυστημάτων (ενδεικτικά αναφέρονται ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ, ΟΙΚΟΛΟΓΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ, ΟΙΚΟΤΟΞΙΚΟΛΟΓΙΑ, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ, ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΥΔΑΤΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ, ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΚΑΙ ΑΠΟΚΑΤΑΣΤΑΣΗ ΕΔΑΦΩΝ κ.α.)
– Οικονομικές και Κοινωνιολογικές Προσεγγίσεις στις Περιβαλλοντικές Επιστήμες (ενδεικτικά αναφέρονται ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΚΟΙΝΩΝΙΟΛΟΓΙΑ, ΟΙΚΟΝΟΜΙΑ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ, ΔΙΚΑΙΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ)
– Τεχνολογίες και Δεξιότητες Μηχανικού στις Περιβαλλοντικές Επιστήμες (ΑΡΧΕΣ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΟΥ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΥ, ΤΕΧΝΙΚΑ ΥΛΙΚΑ ΚΑΙ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ, ΥΔΡΟΛΟΓΙΑ, ΔΟΜΗΜΕΝΟΣ ΧΩΡΟΣ ΚΑΙ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ, ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΕΣ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑΣ ΥΓΡΩΝ ΑΠΟΒΛΗΤΩΝ, ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΕΣ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΕΡΕΩΝ ΑΠΟΒΛΗΤΩΝ, ΜΕΛΕΤΕΣ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΩΝ ΕΠΙΠΤΩΣΕΩΝ, ΕΚΤΙΜΗΣΗ ΚΑΙ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΩΝ ΚΙΝΔΥΝΩΝ κ.α.)
Πέραν των παραπάνω τριών αξόνων στο πρόγραμμα σπουδών περιλήφθησαν και μαθήματα που παρέχουν βασικές γνώσεις (α) σε θέματα ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ (ΗΠΙΕΣ ΚΑΙ ΝΕΕΣ ΜΟΡΦΕΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ (β) σε τεχνολογίες αιχμής όπως η ΓΕΩΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΚΑΙ ΜΕΘΟΔΟΙ ΧΩΡΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ και ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ.
Παράλληλα δίνεται η δυνατότητα στους φοιτητές μέσω των μαθημάτων επιλογής να επιλέξουν κλάδο εξειδίκευσης. Κάθε φοιτητής κατά τα τελευταία δύο έτη των σπουδών του έχει την δυνατότητα να επιλέξει 6 μαθημάτων επιλογής εξειδίκευσης. Τα μαθήματα επιλογής εξειδίκευσης έχουν κατανεμηθεί σε 4 ομάδες εξειδίκευσης όπως (α) ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΚΑΙ ΑΠΟΚΑΤΑΣΤΑΣΗ (β) ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΑΠΟΒΛΗΤΩΝ (γ) ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΟΣ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ και (γ) ΕNVIRONMENTAL SOCIOECONOMICS. Οι φοιτητές θα πρέπει να επιλέξουν 5 μαθήματα από την λίστα των μαθημάτων που περιλαμβάνονται στην Εξειδίκευση που επέλεξαν συν 1 επιπλέον μάθημα από μια από τις άλλες Εξειδικεύσεις ώστε να συμπληρώσουν τον ελάχιστο αριθμό ECTS από μαθήματα επιλογής (24). Κατά το 8ο εξάμηνο σπουδών οι φοιτητές καλούνται να πραγματοποιήσουν πτυχιακή διατριβή σε αντικείμενο που θα επιλέξουν και για τον λόγο αυτό στο συγκεκριμένο εξάμηνο έχουν μικρότερο φόρτο μαθημάτων (2 επιλογής και 2 υποχρεωτικά). Η λίστα των μαθημάτων επιλογή περιλαμβάνει και τα μαθήματα ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑΣ ΚΑΙ ΕΠΙΧΕΙΡΗΜΑΤΙΚΟΤΗΤΑΣ όπως και σε άλλα Τμήματα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.
Συγκεκριμένα μαθήματα, υποχρεωτικά και επιλογής, (ενδεικτικά αναφέρονται, ΓΕΝΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ, ΓΕΝΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ, ΑΝΑΛΥΤΙΚΗ ΚΑΙ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ, ΓΕΩΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΕΣ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑΣ ΑΠΟΒΛΗΤΩΝ) θα περιλαμβάνουν και εργαστηριακές ασκήσεις που θα δίνουν στου φοιτητές την δυνατότητα να αποκτούν εμπειρία και γνώση εργαστηριακών μετρήσεων που αποτελούν αναπόσπαστο κομμάτι στην εκπαίδευση αποφοίτων Τμημάτων Περιβαλλοντικών Επιστημών.